Mobilná aplikácia poskytuje rovnaké funkcie a rovnaký model ako webová aplikácia NFQES Enterprise portál, ktorý je prerekvitzitou využitia mobilnej aplikácie. Výhodou mobilnej aplikácie sú hlavne push notifikácie. Mobilná aplikácia je dostupná len pre registrovaných používateľov. Prostredníctvom mobilnej aplikácie NFQES a kvalifikovaného certifikátu NFQES je možné vykonávať plne kvalifikované podpisovanie.

Pre využívanie plne kvalifikovaného podpisovania bez nutnosti HW tokenu je potrebná mobilná aplikácia NFQES Qualified Autentifikátor. Táto aplikácia slúži ako druhý faktor pri podpisovaní.